Добрый день.
Счета-фактуры выставлять вы не должны, поскольку применяете УСН и не являетесь плательщиком НДС.
Цитата: По расходам:1.приносит директор чеки на дизельное топливо, бензин - надо ли на списание оформлять путевые листы?
Обязательно. Обратите внимание, что расходы, принимаемые в уменьшение налоговой базы, должны быть поименованными в п.1 ст. 346.16 НК РФ и соответствующими требованиям п.1 ст. 252 НК РФ (п.2 ст. 346.16 НК РФ).
Порядок признания доходов и расходов подробно прописан в ст. 346.17 НК РФ.
Цитата: 2.з/части, ремонт - надо ли отдельно составлять акт на списание?
Оформление первички зависит от того, своими или сторонними силами осуществляется ремонт, свои или материалы подрядчика используются. В общем-то, это тема для отдельного самостоятельного обсуждения.
Цитата: 3.по банку: банковские услуги - все ли комиссии подходят?
Однозначно сказать нельзя, я же не знаю, какие операции вы проводите по счету. Допустим, стоимость услуги перевода алиментов не принимается в уменьшение налоговой базы, она должна оплачиваться работником.
Цитата: 4.налоги, отчисления во внебюджетные фонды - а если задолженность за 2012год?
Учитывать нужно по кассовому методу (с учетом пп.3 п.2 ст. 346.17 НК РФ).
Цитата: 5.штрафы - не учитываются?
Нет. См. Письмо Минфина от 09.12.2013 № 03-11-06/2/53634.
Цитата: 6.выплата з/пл по кассовому методу, 7.больничные - первые 3 дня
Да.